Ўзбек футболи тарихи Қўқон шаҳри ва у ерда ташкил этилган жамоа билан чамбарчас боғлиқ. Зеро минтақамиздаги илк футбол жамоаси 1912 йилда айнан Қўқонда тузилган. Шу сабабдан ҳам ушбу шаҳар шарафини ҳимоя этувчи клуб айни пайтда “Қўқон-1912” номи билан юритилади.

Клубнинг номи шу кунгача бир неча марта ўзганган бўлиб, Ўзбекистон чемпионати ўтказилиш бошланган пайти “Темирйўлчи” деб аталган. 1992 йили “Темирйўлчи” мустақил Ўзбекистоннинг биринчи чемпионатида иштирок этган. Олий лигада олтинчи ўринни эгаллаган “Темирйўлчи”, мамлакат Кубоги финалига чиқади ва унда Наманганнинг “Навбаҳор” жамоасига имкониятни бой бериб қўяди. Бу Қўқон клубининг шу кунгача бўлган энг юқори натижаси ҳисобланади.

1995 йилда “Темирйўлчи” Олий лигада 15 ўринни эгаллаб, қуйи лигага тушиб кетган. Икки йил Биринчи лигада тўп суриб, клуб 1997 йилда Олий лигага қайтди ва 2000 йилгача ўйнади. 2001 йилги чемпионатни “Темирйўлчи” яна қуйи лигада ўтказди. 2002 йили клуб номи “Қўқон”га ўзгартирилди. 2002 ва 2003 йилларда Олий лигада ўйнаган “Қўқон” жамоаси кейинги бир неча йилни гоҳ Олий лигада, гоҳида биринчи лигада ўтказган. 

Ўзбек футболининг юз йиллик юбилейи арафасида эса клуб янгича фалсафа билан фаолият бошлайди. “Қўқон-1912” 2014 йилгача Биринчи лигада иштирок этган. Ўша йили иккинчи ўринни эгаллаган Қўқон жамоаси Олий лигада ўйнашни бошлаган ва ҳозиргача элитада қатнашиб келмоқда.

Эришган натижалари

Ўзбекистон Кубоги финалчиси (1992)

Жамоада тўп сурган машҳур футболчилар

Нўмон Хасанов

Баҳром Ҳакимов

Андрей Фёдоров

Сергей Скорович

Дамир Рахматуллин

Евгений Матвеев

Юрий Газюкин

Степан Атоян

Иброҳим Раҳимов

Пётр Агеев

Рустам Абдуллаев

Шуҳрат Мамажонов

Александр Киров

Жамоани бошқарган машҳур мураббийлар

Муҳаммадали Қўлдошев

Авхат Абдулин

Юрий Газюкин

Тоҳир Кападзе

Рустам Абдуллаев

Вадим Шодиматов

Мурод Исмоилов

Сергей Ковшов 

Нўъмон Ҳасанов